Více než tři čtvrtiny firem, jež do roku 2024 využívaly daňovou podporu na vědu a výzkum, patřily mezi velké podniky s více než 250 zaměstnanci. Pouze osm procent z těch, kterým odpočty finančně ulevily, náleží mezi nejmenší subjekty.

Zástupci malých a středních podniků si dlouhodobě stěžují především na komplikovanou administrativu a malou vstřícnost finančních úřadů, které často nárok na odpočty na vědu a výzkum neuznávají.

„Většina malých podniků se o to, aby získala tuto podporu, ani nepokoušela, ačkoli by na ni měly nárok. Dlouhodobě se potýkaly s nejednoznačným výkladem daňové uznatelnosti odpočtů a měly pocit, že jim úředníci házeli klacky pod nohy. Nezměnily to ani dřívější úpravy legislativy,“ shrnuje daňový poradce Michal Dvořáček.

Finanční úřady postupovaly vůči inovativním firmám „postaru“, nepřiměřeně, a vyžadovaly nesplnitelné, glosovala před časem Kristína Šumichrastová ze společnosti Ayming, která pomáhá firmám korektně zpracovat podklady pro odpočet na výzkum a vývoj.

Od roku 2015 počet firem využívajících daňovou podporu pro svoji výzkumnou a vývojovou činnost stabilně klesá. Za rok 2023 využilo v Česku daňový odpočet na výzkum a vývoj 731 soukromých podniků, což byl nejnižší počet od roku 2010. Díky této nepřímé veřejné podpoře ušetřily 2,7 miliardy korun, o 12 procent méně než v roce předchozím.

Podniky častěji na výzkum a vývoj využívají přímé dotace ze státního rozpočtu než daňovou podporu.

Michal Dvořáček, daňový poradce

Na špatný stav v této oblasti poukazují dlouhodobě i zástupci podnikatelských organizací. „Přes dílčí změny mají firmy po problémech z minulých let stále o tuto podporu malý zájem. To je z pohledu zajištění posunu ekonomiky ze subdodavatelské role k vyšší přidané hodnotě špatný signál,“ upozorňoval Bohuslav Čížek ze Svazu průmyslu a dopravy ČR.

Fialova vláda se proto rozhodla vyjít podnikatelům vstříc. Ministři Marek Ženíšek a Zbyněk Stanjura letos představili pozměňovací návrh k novele zákona o jednotném měsíčním hlášení, který má zpřístupnit daňové odpočty na VaV širšímu okruhu poplatníků a zároveň snížit administrativní zátěž.

S přijetím zákona o jednotném měsíčním hlášení zaměstnavatele byl v září 2025 schválen doprovodný zákon, který zasahuje do zákona o daních z příjmů

Firmy ušetří statisíce, velké podniky i miliony

Náklady na výzkum a vývoj si mohou české podniky v přiznání k dani z příjmu odečíst dokonce dvakrát. Poprvé v rámci klasických nákladů, podruhé v rámci odečitatelné položky od základu daně.

Pokud například firma investuje do vývoje tři miliony korun ročně, její obrat je 80 milionů korun a celkové náklady dosahují šedesáti milionů, může díky odpočtům ušetřit každoročně statisíce korun.

Základ daně je v tomto případě ve výši dvacet milionů (celkové příjmy mínus náklady). Daň z příjmu právnických osob ve výši 21 procent tedy bez uznání odpočtů na výzkum a vývoj představuje 4 200 000 korun. Protože má ale dosud firma ze zákona nárok odečíst od základu 100 procent – tedy všechny náklady na VaV, základ se jí sníží o tři miliony na 17 milionů korun. Na výsledné dani pak nezaplatí 4,2 milionu, ale pouze 3 570 000 Kč.

Novela zákona firmy a organizace finančně zvýhodní ještě výrazněji. Co se tedy od roku 2026 mění?

Zásadní novinkou je to, že se zvyšuje podpora výdajů na výzkum a vývoj. Až do výše 50 milionů korun budou moci podniky uplatnit náklady na VaV dokonce ve výši 150 procent. Součástí novely je také prodloužení lhůty pro potenciální uplatnění odpočtu na VaV ze tří na pět let.

„Tím, že odpočty bude možné využít v pěti následujících zdaňovacích obdobích, získají firmy více prostoru pro daňové plánování a budou moci lépe kombinovat různé daňové výhody, například slevy na dani za zdravotně znevýhodněné zaměstnance. Aby se předešlo účelovému dělení firem nebo vyčleňování výzkumných aktivit, vztahuje se limit 50 milionů korun na celý odpočtový celek, tedy na propojené subjekty,“ shrnuje odcházející ministr pro vědu, výzkum a inovace Marek Ženíšek.

V praxi to znamená, že si firma může od základu daně odečíst veškeré náklady na výzkum a vývoj a ještě dalších 50 procent z dané částky. Za výzkumný projekt realizovaný letos tak může učinit například až v roce 2029 (nebo kdykoli do té doby). Podstatné je také zjednodušení celého procesu tak, aby na bonus dosáhlo více podniků.

„V ideálním případě by žádost o odpočet měla být formalitou, i když kontroly finančních úřadů samozřejmě nikdo rušit nebude,“ připomíná Dvořáček.

Zda se skutečně změní přístup úředníků, ukáže čas. „Každopádně ale budou mít díky novým metodickým pokynům prostor pro větší vstřícnost,“ dodává poradce.

To potvrzuje i ministr Ženíšek. Tradiční obavy, zda jim odpočty uznají finanční úřady, budou možná ještě nějakou dobu mezi zástupci firem přetrvávat. Změna v tom, kdo bude posuzovat, zda projekty splňují například kritéria tzv. ocenitelného prvku novosti (viz níže), totiž zatím nenastane. 

„Kontrola ze strany finančních úřadů zůstává zachována, což je podle nás důležité pro udržení právní jistoty i stability systému. Zároveň ale chceme, aby posuzování výzkumných a vývojových aktivit bylo předvídatelnější a transparentnější. Proto jsme oslovili odpovědné orgány ke koordinované přípravě metodických pokynů, které jasně vymezí, jak mají být odpočty na výzkum a vývoj uplatňovány a jaké parametry mají jednotlivé projekty splňovat,“ popisuje ministr.

 Tyto materiály by měly podle Ženíška sloužit jak firmám, tak i samotným finančním úřadům – a to především proto, aby se předešlo nejasnostem a zajistila se jednotná interpretace pravidel v celé republice.

Jak celý proces funguje?

Mají-li podnikatelé v úmyslu provádět výzkumné a vývojové práce, na které chtějí využít veřejné podpory ve formě daňového odpočtu na VaV, musejí si dát především pozor, aby jejich projekt naplňoval jednu z definic ustanovení § 2 zákona 130/2002 Sb., o podpoře výzkumu, experimentálního vývoje a inovací z veřejných prostředků.

Zjednodušeně řečeno musí si podnikatel odpovědět na otázku a následně dokázat, zda se vůbec jedná o výzkum a vývoj.

Michal Dvořáček, poradce

„Pokud není možné práce podřadit jedné z definic (základní, aplikovaný či průmyslový výzkum nebo experimentální vývoj), není možné o uplatnění odpočtu dále uvažovat. Následně je nutné zamyslet se nad tím, zda projekt obsahuje tzv. „ocenitelný prvek novosti“,“ popisuje daňový poradce ze společnosti Rödl a partner Tomáš Jirásek.

 V rámci prvku novosti kontrola zjišťuje, zda to, k čemu výzkum a vývoj směřuje (například výrobek) v současnosti již neexistuje u konkurence, a zda je případně poplatníkovi dostupný (tedy o něm ví).

Jinými slovy: odpočty můžete využít jen v případě, že je váš výrobek úplnou novinkou. Případně musí podnikatel prokázat, že je mu již existující konkurenční produkt „věcně či ekonomicky“ nedostupný, anebo o něm v době řešení projektu neměl informace. Odpočet nelze uplatnit na běžné inovace již existujících výrobků či řešení.

„Pokud na straně poplatníka existuje nejistota, zda je obsažen prvek novosti, může se obrátit na odborníka v oboru či znalce. A konečně je potřeba, aby byl v jeho projektu obsažen tzv. prvek „výzkumné a technické nejistoty“. Ten je naplněn tehdy, pokud poplatník vynakládá peněžní prostředky, aniž by si byl jist, že se dostaví pozitivní výsledek,“ dodává Jirásek.

Odpočet proto není možné uplatnit v případě, kdy poplatník například poskytuje doplňkovou službu jinému vývojáři, ale sám takzvané výzkumné riziko nenese. 

Tomáš Jirásek, Rödl a partner

Pokud dojdou zástupci firem k závěru, že jejich projekt nárok splňuje, obrátí se na správce daně. Krokem číslo jedna je podání oznámení o záměru odečíst odpočet na podporu VaV.

„Projekt jako takový může započít dříve a teoreticky i později, ale teprve od okamžiku podání oznámení je poplatník oprávněn náklady do odpočtu zahrnout. Dalším požadavkem je zpracování projektové dokumentace a její následné schválení za podmínek uvedených v zákoně o dani z příjmu,“ přibližuje Tomáš Jirásek.

Chcete letos ušetřit na daních? Využijte odpočty z darů, hypoték či dárcovství krve

Jde o základní dokument obsahující přesně vymezené náležitosti dané § 34c ZDP. „Z judikatury víme, že absence kterékoliv z těchto náležitostí může mít za následek neuznání odpočtu jako celku, a proto nesmíte tento dokument podceňovat,“ připomíná expert. 

Jak uspokojit úřadníky? Cíle projektu určujte konkrétně

Firma musí také jednoznačně a konkrétně určit cíle svého projektu. Tyto cíle musí být podle Jiráska dosažitelné při zahájení projektu a vyhodnotitelné během trvání výzkumu a vývoje i po jejich skončení.

Z projektové dokumentace musí být jasné, čímž se projekt VaV zabývá a co je jeho cílem. „Poplatník musí popsat, v čem spatřuje prvek novosti, srovnat stav poznání před a po započetí vývojových prací, dovodit jaký bude mít výsledek přínos oproti aktuálnímu stavu a navrhnout postup, jak k němu směřovat. Obecné či lakonické vymezení cílů má za následek přinejmenším dotazy správce daně,“ dodává Jirásek.

Složitá dokumentace a nepochopení cílů projektu za strany FS ČR byly ostatně dosud nejčastějším důvodem pro neuznávání odpočtů. Podle ministra Ženíška dochází díky novele přijaté letos na podzim ke zjednodušení dokumentace.

„Zjednodušení dokumentace spočívá v tom, že nově nebude nutné uvádět údaje o kvalifikaci osob, které zajišťují výzkumné projekty, ani informace o formě jejich pracovního poměru,“ shrnuje ministr.

Tento krok podle zástupce vlády výrazně snižuje byrokracii a uleví zejména malým a středním podnikům.

Zjednodušení projektové dokumentace přispěje k větší dostupnosti odpočtů a snižuje riziko formálních chyb.

Marek Ženíšek, ministr pro vědu, výzkum a inovace

Další náležitostí je také „způsob kontroly a hodnocení postupu řešení projektu a dosažených výsledků“. Průběh projektu je totiž nutné důkladně dokumentovat. Podnik musí také vést samostatnou evidenci nákladů na výzkum a vývoj (oddělených od zbylých nákladů podniku). Více v paragrafu § 34c zákona o DP.

Kdo má projekt kontrolovat? O pilotní projekt nebyl zájem

 O tom, zda mají kontrolu všech náležitostí provádět úředníci finančního úřadu, kteří nemají potřebnou kvalifikaci, se vedou dlouhodobě diskuze.

„Jak má kontrolorka z finančního úřadu s ekonomickým vzděláním ve firmě posuzovat, jaký projekt patří do kategorie výzkumu, vývoje či inovací?“ ptala se kdysi v rozhovoru pro BusinessInfo.cz ředitelka poradenské společnosti Ayming ČR Kristína Šumichrastová.

Stát proto přichází s různými nápady, jak kontrolní proces zpružnit a vylepšit. V rámci pilotního projektu mělo být například testováno posuzování vývoje a výzkumu odborníky z Technoglisilogické agentury ČR prostřednictvím takzvané technické karty (speciálního dotazníku). Ze strany firem ale bohužel chyběl zájem.

Odpočet na výzkum a vývoj se v rámci daňové kontroly složitě obhajuje. Nelze než doporučit, aby poplatník při přípravě projektu VaV spolupracoval s technickým odborníkem na danou tematiku a daňovým poradcem.

Tomáš Jirásek, Rödl a partner

„Pilotní projekt byl před časem připraven ve spolupráci s Technologickou agenturou ČR a Generálním finančním ředitelstvím jako možnost, jak v praxi ověřit odborné posuzování výzkumných činností prostřednictvím tzv. technické karty. Z naší strany byla veškerá metodická i procesní příprava dokončena, nicméně projekt se nakonec fakticky nespustil z důvodu nezájmu samotných firem,“ potvrzuje ministr Ženíšek.

Podle Ženíška ale dávají podobné projekty smysl a do budoucna jde o využitelný model.

„Pro úspěch podobných iniciativ je ale klíčová také aktivní účast podnikatelské sféry. Věřím, že při případném dalším pokusu může sehrát důležitou roli i větší zapojení zástupců firem a profesních svazů při motivaci podniků k účasti,“ dodává ministr.

Spolupráce s podnikatelskými organizacemi na novele, která má podnikatelům ulehčit život, zejména se Svazem průmyslu a dopravy ČR, byla přesto podle ministra konstruktivní.

„Výsledná podoba novely je kompromisem mezi požadavky firem na větší dostupnost a jednoduchost odpočtu a zájmem státu na zachování kontroly a efektivity veřejně vynaložených prostředků,“ uzavírá zástupce vlády.

Jakub Procházka