Jedná se o spory, které mohou vzniknout například odlišným výkladem a uplatňováním mezinárodních smluv o zamezení dvojího zdanění. Podle odhadů Komise se momentálně řeší okolo 2000 takových případů, přičemž asi 900 z nich je starších, než 2 roky. Členské státy se nyní musí snažit vyřešit případy do dvou let a pokud se tak nestane, má daňový poplatník právo na sestavení poradní komise, která vydá stanovisko. Pokud se tak nestane, může poplatník řešit případ soudní cestou.