Daňoví odborníci jsou skeptičtější, posun k lepšímu nicméně nevylučují. Podle nejnovějších čísel Českého statistického úřadu až do loňského roku neustále ubývalo firem, které odpočty využívají. Jako administrativně složitou a v podstatě nedostupnou vnímají tuto podporu v ČR dlouhodobě zejména malé podniky.

Podle Českého statistického úřadu (ČSÚ) využilo za rok v Česku daňový odpočet na výzkum a vývoj pouze 721 soukromých podniků, což je nejméně od roku 2010. Pro srovnání: v rekordním roce 2015 šlo o 1 306 firem, což byla téměř polovina podniků, které vlastní výzkum a vývoj provádějí.

„Většina malých podniků se o to, aby získala tuto podporu, do roku 2025 ani nepokoušela, ačkoli by na ni měly nárok. Dlouhodobě se potýkaly s nejednoznačným výkladem daňové uznatelnosti odpočtů a měly pocit, že jim úředníci házeli klacky pod nohy. Nezměnily to ani dřívější úpravy legislativy,” popisuje daňový poradce Michal Dvořáček.

SP ČR: Česko musí daňové odpočty na výzkum a vývoj zatraktivnit

„Poslední novela má nicméně potenciál tento neblahý trend zvrátit,” dodává poradce. Nejnovější čísla za první čtvrtletí 2026 zatím nejsou k dispozici, finanční správa ale skutečně eviduje více žádostí.

Podle Kristíny Šumichrastové ze společnosti Ayming finanční úřady dříve postupovaly vůči inovativním firmám „postaru“, nepřiměřeně, a kladly jim nesplnitelné požadavky. Podané žádosti tak často končily pod stolem.

Přestože firem využívajících odpočty na VaV bylo za rok 2024 nejméně za patnáct let, podniky ušetřily ve stejném období nejvíce finančních prostředků od roku 2005, kdy byla tato pobídka v Česku zavedena. Velké podniky a zejména firmy se zahraničními vlastníky, které operují s většími finančními prostředky, totiž měly dosud daleko větší úspěšnost a nebály se o tuto podporu požádat.

Více než tři čtvrtiny firem, jež do loňského roku využívaly daňovou podporu na vědu a výzkum, patřily mezi velké podniky s více než 250 zaměstnanci. Pouze osm procent z nich náleží mezi nejmenší subjekty.

„Využívání daňové podpory výzkumu a vývoje se skutečně výrazně liší podle vlastnictví a velikosti podniků. Jestliže v případě domácích podniků tuto možnost za rok 2024 využila čtvrtina firem provádějících výzkum a vývoj, tak v případě firem pod zahraniční kontrolou to byla třetina,“ informuje Václav Sojka z odboru statistik rozvoje společnosti ČSÚ.

Sojka potvrzuje i to, že je vyšší míra uplatnění odpočtů patrná u velkých podniků (41 %). U malých to byla v roce 2025 pouze pětina.

I statistici a odborníci připouštějí, že novela zákona, kterou poslanci schválili loni na podzim a platí od 1. ledna 2026, může statistiky proměnit. Co všechno novela zákona o daních z příjmů změní a jak uleví malým a středním podnikům si přečtěte v článku Daňové odpočty na výzkum a vývoj? Kdy a proč budou pro firmy dostupnější a výhodnější na BusinessInfo.cz

Podle exministra pro vědu, výzkum a inovace Marka Ženíška, který za novelou stál, získaly firmy od ledna 2026 více prostoru pro daňové plánování.

„Tím, že je odpočty možné využít v pěti následujících zdaňovacích obdobích, budou moci podniky lépe kombinovat různé daňové výhody, například slevy na dani za zdravotně znevýhodněné zaměstnance. Aby se předešlo účelovému dělení firem nebo vyčleňování výzkumných aktivit, vztahuje se limit 50 milionů korun na celý odpočtový celek, tedy na propojené subjekty,” shrnuje exministr.

V ideálním případě by žádost o odpočet měla být formalitou, i když kontroly finančních úřadů zrušeny nebudou.  Zda se skutečně změní přístup úředníků, ukáže čas. „Každopádně ale budou mít díky novým metodickým pokynům prostor pro větší vstřícnost,“ dodává daňový poradce.

Co říkají statistiky

Soukromé firmy si za rok 2024 odečetly od základu daně z příjmu výdaje na VaV ve výši 17,5 miliardy, tedy o tři miliardy více než v roce předchozím. Svou roli nicméně hrálo i zvýšení korporátní daně o dvě procenta.

Při sazbě daně z příjmu právnických osob 21 procent tak firmy díky této nepřímé veřejné podpoře ušetřily v posledním sledovaném období celkem 3,7 miliardy. Meziročně to bylo o třetinu a absolutně o 938 milionů korun více.

SPECIÁL: Daně z příjmů za rok 2025

Velké podniky ušetřily v roce 2025 díky odpočtům na VaV za předchozí rok na odvedených daních 2,8 miliardy, zbývajících 0,9 miliardy korun pak připadá na malé a střední firmy.

Zároveň platí, že firmy pod zahraniční kontrolou získaly na odpočtech o 1,4 miliardy korun více než domácí podniky.  Více než polovinu z celkové daňové podpory VaV využily společnosti sídlící v Praze a Středočeském kraji.

Zajímavé je, že na financování vědy a výzkumu firmy (častěji než odpočty) využívaly přímé dotace ze státního rozpočtu či ze zdrojů EU. Takových podniků bylo v roce 2024 1238, tedy téměř dvojnásobek těch, které si náklady odečetly z daní.

Právě menší a střední domácí podniky ve financování těchto aktivit upřednostňují podle ČSÚ dotace před systémem daňových pobídek. Ze státního rozpočtu obdržely v roce 2024 soukromé firmy na dotacích pro VaV 3,4 mld. Kč a z evropských fondů 1,7 miliardy.

Pokulhávající Česko

Podniky v Česku financovaly pomocí daňové podpory VaV v roce 2023 rovná tři procenta svých výdajů na VaV. V sousedním Polsku to bylo 6 procent, na Slovensku 7 a v Rakousku 8 procent. Nejvyšší podíl ze zemí EU mělo Portugalsko (37 %).

V Česku celkově klesají výdaje na vědu a výzkum

Zmíněná čísla dokumentují ještě další problém: totiž celkově nízké tuzemské výdaje na vědu a výzkum, a to nejen ve firemním sektoru. Podle nejnovějších dat Eurostatu dosáhl v ČR objem investic v této oblasti za rok 2024 necelých dvou procent HDP, což je nejméně od roku 2017.

Poměr výdajů na vědu a výzkum vůči HDP v Česku podle výkonného ředitele Enovation Davida Kotrise klesá dlouhodobě. „Byť nominálně vždycky o chlup rosteme, tak ve finále bohužel vůči HDP v té intenzitě výzkumu a vývoje klesáme. Evropská unie naopak postupně stoupá někam na 2,2 procenta,“ sděluje Kotris s tím, že se to negativně projeví v konkurenceschopnosti Česka.

Využívání daňové podpory výzkumu a vývoje se skutečně výrazně liší podle vlastnictví a velikosti podniků

Václav Sojka, ČSÚ

Mírnou naději dává expertům podle předsedy Akademie věd Radomíra Pánka nedávno zveřejněná vládní hospodářská strategie. Věda, výzkum a inovace mají být v příštích letech prioritou. Podle Pánka je potřeba „rozhýbat“ výdaje soukromého sektoru na vědu a posílit státní financování Akademie věd a vysokých škol.

Zda může tento trend pomoci zvrátit také novela zákona o dani z příjmu, která řeší odpočty na vědu a výzkum, není podle Michala Dvořáčka jasné. Zejména menší podniky se zřejmě pokusí využívat tento nástroj častěji. Vyšší úspěšnost jim ale zatím nikdo nezaručí.

„Mnohý odborník může po seznámení se se změnami dojít k názoru, že úprava je naopak složitější. Jakým způsobem zpřístupňuje nové znění odpočty dalším uživatelům je rovněž záhadou,” glosuje daňový poradce společnosti Rödl Tomáš Jirásek.

Zatímco dosavadní úprava umožňovala přenést neuplatněný odpočet na VaV do tří následujících období (zdaňovacích nebo období, za které se podává daňové přiznání), nově bude možné odpočet uplatnit až v pěti takových obdobích. „Současně s tím se však nezavádí speciální lhůta pro stanovení daně, jako je tomu například u investičních pobídek či daňových ztrát,“ upozorňuje ještě Jirásek.

Jakub Procházka