Programy pro programové období 2014 – 2020 byly vymezeny usnesením vlády ČR č. 867 ze dne 28. listopadu 2012. Jedná se o následující programy:
- Operační program Podnikání a inovace pro konkurenceschopnost, řízený Ministerstvem průmyslu a obchodu;
- Operační program Výzkum, vývoj a vzdělávání, řízený Ministerstvem školství, mládeže a tělovýchovy;
- Operační program Zaměstnanost, řízený Ministerstvem práce a sociálních věcí;
- Operační program Doprava, řízený Ministerstvem dopravy;
- Operační program Životní prostředí, řízený Ministerstvem životního prostředí;
- Integrovaný regionální operační program, řízený Ministerstvem pro místní rozvoj;
- Operační program Praha – pól růstu ČR, řízený Magistrátem hlavního města Prahy;
- Operační program Technická pomoc, řízený Ministerstvem pro místní rozvoj;
- Operační program Rybářství 2014-2020, řízený Ministerstvem zemědělství;
- Program rozvoje venkova 2014-2020, řízený Ministerstvem zemědělství;
- Operační program přeshraniční spolupráce mezi Českou republikou a Polskou republikou, řízený Ministerstvem pro místní rozvoj;
- Operační program přeshraniční spolupráce mezi Slovenskou republikou a Českou republikou, koordinovaný na území České republiky Ministerstvem pro místní rozvoj;
- Operační program přeshraniční spolupráce mezi Rakouskou republikou a Českou republikou, koordinovaný na území České republiky Ministerstvem pro místní rozvoj;
- Operační program přeshraniční spolupráce mezi Svobodným státem Bavorsko a Českou republikou, koordinovaný na území České republiky Ministerstvem pro místní rozvoj;
- Operační program přeshraniční spolupráce mezi Svobodným státem Sasko a Českou republikou, koordinovaný na území České republiky Ministerstvem pro místní rozvoj;
- Operační program nadnárodní spolupráce Central Europe 2020, koordinovaný na území České republiky Ministerstvem pro místní rozvoj;
- Operační program nadnárodní spolupráce Danube, koordinovaný na území České republiky Ministerstvem pro místní rozvoj (schválen dodatečně usnesením vlády ČR č. 447 ze dne 12. června 2013);
- Operační programy meziregionální spolupráce, koordinované na území České republiky Ministerstvem pro místní rozvoj.
- ESPON 2020
- Operační program INTERACT III
Programy byly vymezeny v návaznosti na 8 tematických okruhů stanovených na národní úrovni, které představují „převodník“ mezi úrovní národních rozvojových priorit a cílů a prioritních os jednotlivých programů. Tyto okruhy se opírají o řádně zdůvodněné problémové analýzy zpracované resorty, kraji a zástupci měst a obcí a byly podrobeny dlouhé, důkladné a detailní debatě a systematickému ověřování potřeb ze strany partnerů.