Jak daňová kontrola probíhá, jak se na jednotlivé kontrolní postupy připravit a jaké má podnikatelský subjekt práva a povinnosti, si přečtěte v následujícím textu na BusinessInfo.cz.

Kontrola z finančního úřadu může přijít kdykoli a v zásadě nezáleží na tom, zda jste k ní sami zavdali příčinu (například neplněním nebo opožděným plněním daňových povinností).

Přesto došlo v posledních letech k zefektivnění celého procesu a těm, kteří si svědomitě plní daňové povinnosti, zaklepou na dveře kontroloři málokdy. Většina českých podnikatelů se tedy daňové kontroly vůbec nedočká.

„Alespoň částečně se ale kontrolní proces může dotknout i těch, kteří přiznávají a platí daně svědomitě, tedy nejen hříšníků. Postup kontrolorů má ale za zákona jasně daná pravidla a také podnikatelé mají nejen povinnosti, ale i svá práva,“ přibližuje poradce Michal Dvořáček. 

Změny v daních a odvodech 2025: Na co by si měli dát podnikatelé pozor?

Podle poradce nicméně na počátku celého procesu často bývá nějaká významnější nesrovnalost, jíž správce daně objeví, nebo je mu nahlášena. Firma může být také například činná v oboru, který je považován za rizikovější z hlediska daňových podvodů.

Kontroly jsou stále efektivnější

Za posledních deset let revizí v Česku ubylo. Zatímco ještě v roce 2015 bylo v Česku podle statistik 27,5 tisíce dokončených kontrol a zhruba 15 tisíc jich skončilo doměřením daně spojeným se sankcemi, v roce 2024 bylo ukončeno jen 9750 revizí se 7 000 doměrky.

Zajímavostí je, že po roce 2022 počet kontrol spíše stagnuje nebo mírně roste. Zefektivnění, lepší zacílení a následně i úbytek kontrol (obtěžováno bylo minimum podnikatelů, kteří měli daňové povinnosti v pořádku) souvisel se zavedením EET, které ovšem Fialova vláda zrušila.

„Kontrola může nicméně přijít kdykoli a je třeba být na ni připraven,“ glosuje poradce.

Daně: Jaké sankce hrozí neplatičům či opozdilcům

Jak kontroly probíhají a co říká zákon?

Kontrolní postupy se řídí daňovým řádem, tedy zákonem č. 280/2009 Sb.

Podle daňového řádu se mohou podnikatelé setkat se dvěma na sebe navazujícími postupy. Celý proces zahajuje postup pro odstranění pochybností (podle § 89 daňového řádu) a případně následuje „klasická“ daňová kontrola (podle § 85 a dalších daňového řádu).

Podnikatel se musí snažit vyvrátit všechny pochybnosti a odstranit nesrovnalosti, důkazní břemeno je totiž výhradně na jeho straně.

Během kontroly máte nicméně – podobně jako v trestním právu – nárok navrhovat další důkazní prostředky ve svůj prospěch (výslechy svědků, spolupracujících osob a podobně).

Zároveň můžete nahlížet do svého spisu a případně vznést výhrady k průběhu kontroly. Podnikatel má právo podat i správní žalobu (žalobu proti rozhodnutí správního orgánu) a bránit se u soudu, případně podat stížnost pro nevhodné chování úředních osob.

Podnět může dát kdokoli

Na nejasnosti může finanční úřad upozornit jiná instituce, jež podnikatelské subjekty prověřuje. Často jde o Českou správu sociálního zabezpečení (ČSSZ), u níž je četnost kontrol násobně vyšší než u finanční správy. Udání ale může přijít od kohokoli.

ČSSZ sleduje účetní záznamy a primárně kontroluje, jestli podnikatelé odvádějí platby na sociálním pojištění. Kontrola se ale může týkat také toho, jestli zaměstnavatelé vedou evidenční listy důchodového pojištění, ohlašovací a oznamovací povinnosti nebo správného stanovení vyměřovacích základů spojených s nemocenským pojištěním.

Finanční úřady prověřují například firmy, kde se uplatňují nadměrné odpočty, vykazující daňovou ztrátu, či podniky, které neplní své daňové povinnosti nebo tak činí se zpožděním. A nemusí jít jen o daně a s nimi spojené dokumenty. Obávat se musejí například i hříšníci, kteří (včas) neodevzdávají výroční zprávy či účetní závěrky.

Před začátkem kontroly si správce daně kontrolovaný subjekt důkladně prověří. Pokud objeví problém, pošle „výzvu k odstranění pochybností“. Ke kontrole pak úředníci přistoupí pouze v případě, že se nepodaří jejich pochybnosti rozptýlit nebo zjistí nějaké vážné pochybení.

„Postup pro odstranění pochybností se zahajuje před vyměřením daně a slouží především k odstranění jednotlivých a dílčích pochybností, které lze zpravidla rychle a jednoduše vysvětlit,“ popisují daňoví poradci z EKP Advisory.

Pokud se vám pochybností rozptýlit nepodaří a například věrohodně neprokážete, že přiznáváte a platíte daň v odpovídající výši – může jít o DPH, daň z příjmu i další odvody – úřad vás o tom informuje a přistoupí k samotné daňové kontrole.  

„Pokud výše daně není prokázána dostatečně věrohodně, sdělí úřad daňovému subjektu výsledek postupu k odstranění pochybností,“ dodává Dvořáček.

Před samotnou kontrolou se vám zástupci úřadu ozvou, oznámí vám, kdy kontrolní proces začne a jaké jim máte dodat podklady. Ze zákona musí kontrolor o zahájení kontroly vypracovat příslušný protokol.

Daňový subjekt je oprávněn do 15 dnů ode dne, kdy byl seznámen s dosavadním výsledkem postupu k odstranění pochybností, podat návrh na pokračování v dokazovaní spolu s návrhem na provedení dalších důkazních prostředků. Pokud ani následně není pochybnost prokázána, zahajuje obvykle správce daně daňovou kontrolu.

Jaké daně budou předmětem revize, zjistíte dopředu

Pokud přistoupí úředníci ke kontrole podle paragrafu 85 a dalších daňového řádu, mohou si od zástupců firem vyžádat nejrůznější dokumenty a vaší povinností je tyto předložit.

„Většinou budou chtít nahlédnout do vašeho účetnictví, mohou si říci o různé smlouvy, faktury i jiné doklady. Zákon hovoří o tom, že kontrola probíhá na místě, kde to vzhledem k účelu kontroly nejvhodnější,“ shrnuje poradce.

Ve složitějších případech má správce daně právo provést důkladné místní šetření. Tj. vstoupit do jakékoli nemovitosti, kterou využíváte k podnikání (případně to může být i ve vašem bydlišti).

Vyplňujete daňové přiznání? Jaké jsou nejčastější omyly a nejasnosti

Pokud se vám zdá, že nemáte k předložení dokladů dostatek času, máte za zákona právo požádat o prodloužení lhůty k jejich předložení.

Pokud je žádost podána před uplynutím lhůty stanovené správcem daně, musí úředníci prodloužit lhůtu minimálně o tolik dní, kolik zbývá v den podání žádosti do konce původní lhůty (více § 36 daňového řádu).

Pokud má podnik dokumenty v pořádku, kontrola je ukončena a kontrolor má povinnost vám všechny příslušné dokumenty do 30 dní vrátit. Neznamená to ale, že nemůže dojít k doměření daně a že nebudete potrestáni penále a úrokem z prodlení.

Ještě připomínáme, že kontrola musí být dopředu jasně vymezená a kontrolovaný tedy ví, jaké daně a v jakém období budou předmětem revize. „Kontrola se obecně vztahuje k jedné dani a ke konkrétnímu období, například jen k dani z přidané hodnoty v určitém měsíci. Může být zahájena pouze před uplynutím lhůty pro stanovení daně, jejíž základní délka je tři roky,“ doplňuje Dvořáček.

Daňová kontrola končí: Jaké vás mohou čekat sankce?

Daňová kontrola oficiálně končí v okamžiku, kdy vám finanční úřad doručí „oznámení o ukončení daňové kontroly“.

Zpráva o daňové kontrole obsahuje:

• odkaz na zahájení daňové kontroly,
• hodnocení předložených důkazů
• výsledky, ke kterým správce daně dospěl.

V případě nesrovnalostí, které nejsou vysvětleny či odstraněny, je subjektu zpětně vyměřena daň a související sankce (penále a úrok z prodlení). Daň je stanovena formou dodatečného platebního výměru, proti kterému je možné se odvolat.

Výše úroku z prodlení je tradičně osm procent ročně navýšená o základní repo sazbu ČNB, kterou banka s klesající inflací v poslední době opakovaně snížila až na 3,5 procenta. V současnosti je tedy úrok z prodlení 11,5 %.

Daně: Co vnímá finanční úřad jako riziko?

Cíl kontrol je podobný jako u kontrolních hlášení – tedy především zabránit daňovým únikům a omezit daňové podvody.

„Je to o tom, co jsem zmiňoval na začátku. Tedy, že úředníci většinou kontrolují jen subjekty, které se jim zdají podezřelé, ačkoli výzva k odstranění pochybností se může týkat v podstatě každého,“ doplňuje Michal Dvořáček.

Co může vést k zahájení kontroly:

• dlouhodobá ztráta (firmy mohou být podezřelé, že neuvádějí všechny své příjmy nebo že se vyhýbají daňovým povinnostem)
• vysoké odpočty nebo nároky na vrácení daně z přidané hodnoty
• působení v rizikových odvětvích
• vysoké obraty podniků (takové podniky mají větší množství transakcí a jejich účetnictví je složitější, což zvyšuje pravděpodobnost chyb nebo nesrovnalostí)
• opakovaně opravované daňové přiznání

Jakub Procházka