Uplatňování principu programování
Jak bylo výše nastíněno, samotná realizace regionální a strukturální politiky se provádí právě prostřednictvím principu programování, který je založen na rozdělování prostředků Společenství na základě víceletých rozvojových programů. Tyto programy se dále rozpadají na priority, subprogramy a opatření s vlastními rozpočty. Tvorba základních programových dokumentů je první fází přípravy. Dokumenty jsou vzájemně provázané a dokument pro vyšší úroveň rozvíjí dokumenty pro nižší úroveň, až na úroveň projektů.
Prvotní strategický dokument pro dané programové období představuje Národní rozvojový plán (NRP) – National Development Plan (NDP). Struktura a obsah NRP musí být v souladu s legislativou EU. Popisuje strategii členského státu EU pro získání podpory ze strukturálních fondů EU a vyhodnocuje stav a vývoj země v hospodářské, sociální a politické oblasti a její ambice a cíle v následujících letech. Jedná se o zevrubné zdůvodnění potřeby podpor a definici cílů, jichž má být dosaženo. Obsahuje globální cíl, specifické cíle a návrh operačních programů, které je naplní.
Stěžejním dokumentem v celé programovací hierarchii je ale spíše Národní strategický referenční rámec (NSRR) – National Strategic Reference Framework (NSRF), který na Národní rozvojový plán navazuje. Je to základní programový a strategický dokument obsahující již podrobnější priority a opatření, na které by členská země chtěla v daném programovacím období využít prostředky z fondů EU. V NSRR je popsán celkový mechanismus a struktura čerpání fondů EU včetně popisu jednotlivých operačních programů. Dokument je připomínkován a schvalován ze strany Evropské komise. Až po vyjednání NSRR pak může dojít k vyjednávání obsahu konkrétních operačních programů. Ty jsou základním strategickým dokumentem pro příslušnou tématickou oblast nebo konkrétní region soudržnosti na národní úrovni. V operačním programu jsou podrobně popsány cíle a priority, které chce členská země v dané oblasti dosáhnout v daném programovém období. V operačních programech najdeme popis typových aktivit, na které je možné čerpat prostředky ze strukturálních fondů a nechybí také uvedení výčtu těch, kteří mohou o finanční prostředky žádat. Napříč všemi operačními programy se navíc vždy prolínají i určité průřezové oblasti, nazývané horizontální priority. Patří mezi ně rovné příležitosti, životního prostředí, informační společnost a vyvážený rozvoj regionů.
Prostředky z fondů jsou tedy při praktické implementaci na úrovni členského státu uvolňovány do těchto operačních programů a v jejich rámci potom do specializovaných podprogramů (resp. tzv. opatření). Podmínkou tohoto systému je částečné spolufinancování programů ze strany příslušného státního rozpočtu, resp. jiných zdrojů na národní úrovni. Pomoc ze strukturálních fondů má doplňovat, respektive posilovat prostředky příjemce pomoci. Finanční pomoc ze strany EU je tedy na základě tohoto tzv. principu adicionality povinně doplňována z národních zdrojů. V praxi to znamená doplnění o finanční prostředky z veřejných rozpočtů (státní rozpočet, rozpočty krajů, měst a obcí). Složení financování konkrétního projektu může být v různém poměru – liší se většinou podle operačního programu či jeho opatření, žadatele a místa realizace projektu.
Poté, co Evropská komise rozhodne o operačních programech, je tedy úkolem členského státu a jeho regionů zajistit provádění programů. Znamená to vybrat tisíce projektů z těch, které každým rokem vznikají, a zajistit jejich kontrolu a hodnocení. Veškerou tuto práci provádějí tzv. „řídící orgány“ fungující v rámci jednotlivých zemí či regionů. Evropská komise ještě předtím učiní tzv. „závazky na výdaje“, aby vůbec členskému státu umožnila zahájení programů. Komise proplácí teprve výdaje certifikované, tj. kontrolované členským státem. Komise se přitom podílí na sledování operačních programů společně s členskými státy.
Pro minulá programová období, od roku 1989 až do roku 2006 platila poněkud jiná struktura programovacích dokumentů, nicméně princip byl přibližně podobný, s tím rozdílem, že současnou roli NSSR hrál dříve Rámec podpory Společenství (RPS) – Community Support Framework (CSF). V rámci zjednodušeného systému fungoval do roku 2006 i Jednotný programový dokument JPD – Single Programming Document (SPD). Byl používán zejména pro využívání pomoci v rámci dřívějších Cílů 2 a 3 v období 2000–2006 a jednalo se de facto o dokument kombinující charakteristiky Rámce podpory společenství a operačního programu.
Samotné alokované finanční prostředky jsou při vlastní realizaci politiky HSUS v příslušném členském státě, resp. regionu uvolňovány různými způsoby. Na rozdíl od „neunijní“ regionální a strukturální politiky, resp. politik tohoto charakteru uplatňovaných čistě v rámci národních států, jsou zapovězeny pro uplatňování politiky HSUS nástroje typu daňového zvýhodnění, cenové regulace, výrobních a dovozních kvót apod. Vzhledem k požadavkům na unijní ochranu hospodářské soutěže podléhají jednotlivé formy pomoci poskytované v rámci politiky HSUS přísné kontrole a požadavkům na dodržování striktních pravidel. V tomto ohledu jde v souvislosti s čerpáním pomoci ze strukturálních fondů především o jasné vymezení pojmu „veřejná podpora“. Ta je definována jako finanční prospěch, který na základě speciálního propočtu vycházejícího ze zásad stanovených Evropskou komisí získá konečný příjemce přijetím některé formy podpory. Výše veřejné podpory je omezena dalšími pravidly (např. de minimis nebo tzv. intenzitou veřejné podpory).
Konkrétně bývá v praxi podpora ze strukturálních fondů poskytována nejvíce formou dotace, zvýhodněného úvěru nebo záruky, případně různou kombinací těchto forem podpory. Dotace představuje formu nevratné finanční podpory, která je poskytována přímo z veřejných (unijních a národních) zdrojů, na konkrétní projekt. Zvýhodněný úvěr, je půjčka, jejíž podmínky poskytnutí jsou zvýhodněny nastavením specifických podmínek (nižší úrok, pevná úroková sazba, delší lhůta splatnosti, možnost odkladu splátek jistiny). Další využívanou formou podpory je speciální podoba zvýhodněné půjčky – tzv. podřízený úvěr. Jde o typ dlouhodobého zvýhodněného úvěru, jehož podmínky jsou nastaveny tak, že umožňují přednostní uspokojení pohledávek všech ostatních věřitelů příjemce podpory v době podřízenosti (tj. v době odkladu splátek jistiny podřízeného úvěru). Výhodou podřízeného úvěru je, že banky ho mohou při provádění finanční analýzy považovat za vlastní zdroje podnikatele. Poměrně sofistikovanou formou podpory jsou zvýhodněné záruky, jež usnadňují příjemcům pomoci přístup k bankovním úvěrům na realizaci jejich projektu. Je poskytována až do určité maximální procentní výše jistiny zaručovaného úvěru a příjemce hradí pouze část ceny záruky. V praxi jsou využívány rozličné odvozené či specifické podoby těchto základních forem čerpání pomoci, vždy však zůstává jejich základní charakteristikou možnost jednoznačného posouzení výše přidělené podpory. V posledních letech uplatňování politiky HSuS je přitom možné sledovat spíše trend posílení role nástrojů návratného financování projektů na úkor nenávratných dotačních nástrojů.